1、制造的難易程度不同。
目前市場上使用的純水基本上都是經過反滲透、蒸餾等方法制得。純化水是用水經蒸餾法、離子交換法、反滲透法或其他適宜方法制備得到的制藥制作的水。而超純水是在純水的基礎上還要經過光氧化技術、精處理和拋光處理等一系列復雜的純化技術制得的，這樣的水是一般工藝很難達到的程度，通過雙級反滲透水處理設備輔以EDI 設備，就可以制備超純水。
2、重金屬、微菌、微粒數等指標也大不相同。
純水雜質含量是ppm級，而超純水為ppb級。這種水中除了水分子外，幾乎沒有什么雜質，更沒有微菌、病毒、含氯二惡英等有機物，當然也沒有人體所需的礦物質微量元素，接近理論上的水，也就是幾乎清理氧和氫以外所有原子的水。
3、對輸送管道材質的要求也不相同。
超純水和純化水對輸送管道材質的要求要比純水嚴格的多。
4、電導率不同。
純水電導率在 2-10us/cm 之間，純化水電導率≤0.2us/cm，超純水的電導率為 0.056us/cm。
5、用途不同。
純水主要應用在生物、 化學化工、冶金、宇航、電力等領域。
純化水一般作為供藥制作的水。
超純水一般用于電子、電力、電鍍、照明電器、實驗室、食品、造紙、日化、建材、造漆、蓄電池、化驗、生物、制藥、石油、化工、鋼鐵、玻璃等領域。
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